A origem da feira do Menino Deus remonta a 1994, quando foi criada a Feira da Cultura Ecológica, no pátio da Secretaria Estadual da Agricultura, com os feirantes reunidos sob uma lona improvisada. Inicialmente, a feira ocorria apenas nos sábados. Em função da grande demanda, em 1999 foi criada no mesmo local a Feira da Biodiversidade, que passou a funcionar nas quartas-feiras. Em 2001, durante o governo Olívio Dutra, foi construída uma cobertura, com apoio do Banrisul e parceria com a Secretaria da Agricultura, que passou a substituir as lonas que abrigavam os feirantes. Em 2016 foi realizada uma reforma, onde os agricultores custearam mais de R$ 50 mil para a melhoria da estrutura do local.